使用Zotero进行从未有过的畅快学术体验 - Eddy's World

Zotero/zoʊˈtɛroʊ/是一款自由及开放源代码的文献管理软件，管理书目信息（如作者、标题、出版社、摘要、阅读笔记等）及相关材料（如PDF文件等)。其最著名的特性是作为浏览器插件、在线同步、与文档编辑软件如Microsoft Word, LibreOffice, openOffice.org Writer、NeoOffice等集成，可生成文内引用、生成页面脚注或文后的参考文献（bibliographies）。
维基百科

2018年12月29日首发
2022年1月17日更新附件存储形式和Zotero与Obsidian联动

引言

Zotero是我用过的有史以来最方便的文献及信息收集管理软件，没有之一，我已向周围的很多小伙伴推荐过，很多朋友特别是科研圈的同行们纷纷叫好，今天专门写一篇关于它的使用感受。

特色功能

极其便利的文献收集功能：只需要在浏览器中安装官方的“Save to Zotero”插件，文献的源数据和pdf文件就会自动保存到你zotero软件正在打开的目录中，pdf也会自动以你设定的命名方式重命名进入你设定的目录文件夹中。一键式操作，替代了原本需要的至少4步操作（点击进入杂志网站，点击文献源数据并复制粘贴进文献管理软件，点击文献pdf并保存，按特定规则复制粘贴进某个文件夹并重命名）；

跨平台云同步：目前在用的平台有Windows、macOS Mojave，这两个平台都有Zotero软件且版本更新及时，其官方自带的云同步功能也很好但免费空间比较小，再大就需要收费了，而且不利于文件的本地化管理。这里的云同步我使用的Onedrive商业版，全球100M带宽，跨平台同步非常方便；

文献引用：在word内非常方便的引用文献库中的文献，并在文章末尾生成引用列表，这是每个文献管理软件最最重要的功能，相对于Endnote这款老牌文献管理软件，Zotero可以说达到了我的预期；

文献库、多级目录、标签及颜色管理系统：多级管理系统，可以让你的文献有条不紊，让相似的研究方向放在同一个目录或标签下，小小的色块可以让你一眼从众多文献中找到你要的文献；

强大且优秀的插件系统：由于软件是开源的免费软件，第三方插件都是又Zotero爱好者自行编写的，虽然功能更新不太频繁，但稳定且最够使用，下面特别推荐几个我正在使用的插件；

RSS订阅：很多使用者都会忽视这个强大的功能，对于优秀的专业杂志进行新文献订阅是每个科研人都会做的工作，但能集成到文献管理软件中的并不多，它能够实现简单的拖放，像本地文件和文件夹一样简单的管理；

插件系统

Save to Zotero：官方叫它Connecter；它占据了我对Zotero一般的溢美之词，这是一个浏览器插件，而非软件内插件，一键自动识别网页内的信息属于哪一类别，比如文献、书本、毕业论文、网页、手稿等，它会显示为不同的图标，导入源数据以及相关pdf文件，当然前提是你的组织购买了这个期刊或者数据库；

Zotfile：必装插件之一，自动分类管理，自动重命名；

Zotero Scholar Citations：自动获取来自谷歌学术的引用次数，但不可大量使用，一旦超过一定阈值，将会暂停并要求你到谷歌学术网站进行机器人检测，有了文献的引用次数，可以在一定程度上提高你的阅读效率；

Folder Import for Zotero

Mdnotes for Zotero

Sci-Hub Plugin for Zotero

Zotero Citation Counts Manager

Zutilo Utility for Zotero

参数设置与云盘集成文件夹目录树

文件夹目录树

这里我使用的是上一篇关于Onedrive的教程申请得到的免费商业版Onedrive云盘，结尾是我的edu邮箱地址；图中可以清楚的看到在Zotero文件夹下的各个类别的文件夹，他们都是由Zotfile插件自动分门别类以中文保存的，这里想提醒一下如果你使用多平台一定要注意统一软件语言，比如这里都使用中文界面；在Zotero父级文件夹下还有一个名为Zotero的子目录，这里保存的Zotero软件的一些参数，尽量不要使用或者修改它；右侧的绿色小对勾是onedrive软件给出的同步状态，特别注意新版的onedrive提供了文件随选功能，意为暂时不使用的文件存在云端而不在本机保存，这个功能更适用于上传下载网速带宽超快的国家，大陆还不太适合；

Zotfile参数设置1

Zotfile第一页：设置自动监控文件夹，一旦出现新pdf文件将自动导入；pdf文件存储文件夹级分类方式，这里/%T是指以类别保存，也可设置为以年份、作者或组合等其他子目录方式，多次磨合后发现用这种类别方式最好；

Zotfile参数设置2

Zotfile第三页：为什么跳过第二页呢？因为第二页是平板电脑的设置，因为我很久不用iPad来看文献了，这里就不赘述了；最上面是命名规则预览，注意需要点击Zotero软件中的任意文献后再点预览；下面是自定义命名规则，我比较喜欢“年份作者”的方式，简明扼要，一般一位作者一年只发一篇文章，大牛们多的像Bo大大可能会有2篇甚至3篇；

Zotfile参数设置3

Zotfile第四页：文献高亮及注释输出，非常好用的功能；下面设定了特定扩展名的文件才进行重命名，不然普通网页截图也会被重命名，显示起来是非常麻烦的一件事。

Windows首选项设置-同步路径

Mac首选项设置-同步路径

工作流

在谷歌学术上搜索文献名称，进入（可能会自动保存摘要）或不进入期刊网站（一定不保存摘要）；
点击浏览器插件Connecter，或拖动已下好的pdf拖入Zotero某个目录下，自动存入特定文件夹，并自动重命名；
喝杯咖啡，点点获取引用数，让后台的Onedrive帮你同步好；
双击文献名，或点击在界面右侧自动生成的文献内目录自动跳转到特定页，看到需要的内容高亮标记一下，在适当的地方做一些笔记，保存pdf的修改；
在Zotero内点击右键，导出高亮或笔记；关闭软件美滋滋；

P.S.

目前唯一的美中不足，有时会无意中保存了多份pdf文件，而Zotero软件本身暂时没有自动查重并删除的功能，删除也仅仅是删除了一条记录而冗杂的pdf文件仍然存在于其目录下，占用宝贵的空间；
如果界面能够紧跟时尚潮流，做做扁平化，我想我会更爱它！

关于附件的保存

1.附件链接

文献pdf有两种方式保存，一种是配合zotfile插件的附件链接形式，这种形式下zotero的数据文件夹并不储存附件源文件，只保存附件的链接，而附件源文件可以被保存在任意位置，通常为了多终端同步我会保存在某个云盘在本机建立的文件夹中，比如iCloud文件夹、Onedrive文件夹，好处是只要文件修改就可以实现全终端同步。优点是附件源文件集中管理，集中改名，集中使用可以信赖的云盘软件进行同步，适用于习惯使用云盘的朋友；缺点是，因为zotero数据中仅保存了条目的附件链接，即使条目被删除，附件文件夹中仍会保留附件源文件，当数据库过于庞大时，会出现大量需要删除但仍存在的附件；还有个缺点是，对于源文件较大的pdf，每次修改或添加高亮，因为同步引擎是网盘app，源文件都会进行一次同步，网络不好时可能会出错；
这种方案下建议的配置为（以同步iCloud云盘举例）：
zotero数据文件夹以zotero官方云盘同步，附件文件以iCloud云盘同步，实际iCloud地址以本机为准；
Zotero preference -> Advanced -> Filed and Folders -> Linked Attachment Base Directory: /Users/yao/Library/Mobile Documents/3L68KQB4HG~com~readdle~CommonDocuments/Documents/Zotero
Zotero preference -> Advanced -> Filed and Folders -> Data Directory Location:
Custom: /Users/yao/Documents/Zotero(非常重要，注意备份)
Zotfile preference -> General Settings -> Location of Files -> Custom Locaiton ->
/Users/yao/Library/Mobile Documents/3L68KQB4HG~com~readdle~CommonDocuments/Documents/Zotero
✅Use subfolder defined by /%T

2.附件原文件

第二种形式是将附件源文件以webdav同步协议的网盘/zotero官方网盘中zip压缩包的形式保存的zotero数据文件夹中的storage文件夹，这是zotero官方推荐的方案。可以在每次zotero数据同步时，附件源文件得以同步，这样做的好处是可以在每个zotero官方终端的app中直接读取各附件，以及进一步的高亮、笔记等功能。缺点是在没有zotero app的终端上，并不方便查找附件文件；目前zotero ipad版还是beta阶段，不能保证使用的安全性；最大的缺点是附件将被散乱的保存在无规律命名的文件夹中，想在文件管理器中直接查找，只能根据文件名，建议搭配zotfile自动改名，以便查找；为了弥补这一缺陷，可以设置第三方软件的实时备份，比如Synology Drive Client，实时备份zotero整个数据文件夹；

这种方案下建议的配置为（以本地NAS webdav举例）：
Zotero preference -> Advanced -> Filed and Folders -> Linked Attachment Base Directory -> Revert to Absolute Paths -> Clear Base Directory Setting
Zotero preference -> Advanced -> Filed and Folders -> Data Directory Location:
Custom: /Users/yao/Documents/Zotero(非常重要，注意备份)
Zotfile preference -> General Settings -> Location of Files -> Attach stored copy of file(s)
Zotero preference -> Sync -> Setting -> Data Syncing ->
✅ Sync automatically
✅ Sync full-text content
Zotero preference -> Sync -> Setting -> File Syncing ->
Sync attachments files in My Library using: WebDAV
并输入你的WebDAV

3.方案切换

附件管理形式的转换（转换前先备份数据文件夹和附件文件夹，以防出错）：
从第一种转换为第二种，在My Library中选中全部条目，
Tools -> Manage Attachments -> Convert Linked File to Stored File
然后设置上文中第二种设置的配置

从第二种转换为第一种，先完成第一种的设置，然后选择全部条目，点击右键 ->
Manage Attachments -> Rename Attachments

4.其他设置

Zotfile其他设置：

Zotfile preference -> Renaming Rules -> Renaming Format ->
❎Use Zotero to Rename
Format for all Item Types except Patents: {%y_}{%a}
Format for Patents: {%y_}{%a_}{%t}
Zotfile preference -> Renaming Rules -> Addition Format ->
❎Add user input to filename
❎Change to lower case
❎replace blanks
✅Truncate tile afeter . or : or ?
✅Maximum length of tile: 80
✅Maximum number of authors: 1
Number of authors to display when authors aare omitted: 1
❎add suffix when authors are omitted: et al

Better BibTex其他设置：

Zotero preference -> Better BibTex -> Citation Keys -> Citation Key format: [year]_[auth]
Zotero preference -> Better BibTex -> Automatic export: when idle

Zotero Scihub其他设置：

Zotero preference -> Zotero Scihub ->
AUtomatic PDF Download: ✅
Scihub URL: https://sci-hub.tf/

关于Highlight与笔记

在Zotero5的beta版中，目前现存2中形式的Highlight和笔记，一种是Zotero客户端自建Highlight和自建笔记，另一种是pdf文件通用Highlight，可以通过Zotfile插件转换出笔记。两种方案可以共存，也可以在zotero中相互转换。如果有对于ipad版本的使用需求，建议使用自建Highlight和笔记。如果习惯在各个客户端都是用第三方pdf软件来阅读和标记pdf，则建议使用通用highlight。两种方案都可以方便的导出笔记为md格式，自建笔记可以使用zotero自己的导出按键，而通用笔记和自建笔记也可以使用mdnotes for zotero插件来完成笔记到md文件的导出。